В кратком вступлении ко "Второму трактату" Локк выражает надежду, что его текст объяснит и оправдает приход к власти короля Вильгельма III, а также Локк выступает против интеллектуальных и моральных оплошностей в записях сэра Роберта Филмера ("Патриарх"). В первой главе он опровергает Филмера и повторяет свои аргументы (из "Первого трактата") против него:
Локк явно нацеливается опровергнуть теорию Филмера о божественном происхождении власти. Он заканчивает первую главу, утверждая, в противовес Филмеру, что не следует также путать или объединять разные типы власти - власть отца, власть семьи, политическую власть и т.д. - они имеют различные характеристики.
Локк определяет политическую власть как право создавать законы для защиты и регулирования прав собственности; эти законы поддерживаются сообществом людей для всеобщего блага. Локк обращается к природным инстинктам людей (state of nature), чтобы вывести определение политической власти. Во второй главе он объясняет, что state of nature - это состояние равенства, при котором ни один человек не имеет власти над другим, и все свободны действовать, как им больше нравится. Также, он специально отмечает, что эта свобода не эквивалентна праву на злоупотребления в отношении других людей, и что даже в таком свободном состоянии существуют универсальные, природные законы. И каждый индивид может использовать их. В качестве примера существования таких универсальных законов Локк приводит ситуацию, что если человек совершает какое-то преступление в чужой стране, то он всё равно будет наказан, хотя по логике вещей король чужой страны не может быть властен над ним. Локк заявляет, что универсальный закон просто требует, чтобы наказание было соразмерно проступку. Потерпевшая сторона вправе ответить на совершенное в отношении неё действие, чтобы отучить обидчика и заставить его не повторять таких действий в будущем. Локк приходит к выводу, что все люди находятся в состоянии универсального природного закона (state of nature), пока они не заключают между собой специальное соглашение (которое все обещают исполнять), что превращает их в членов политического общества.
Локк оставляет детали текущей политической ситуации в Англии, описанные во введении, чтобы выделить вразумительную теорию либерального политического управления, основанного на уважении частной собственности и универсальных природных законах, происходящих из инстинктов людей. В его "естественном состоянии" (state of nature) никто не властен ни над кем, царят универсальные людские законы и каждый индивид вправе их исполнять.
Эта теория Локка включает много допущений. Например, допущение об определенной системе моральных ценностей у людей. Никто не имеет никаких прав в отрыве от определенного морального кодекса, с помощью которого предлагается оценивать действия индивидов. Также отрицается существование стандартного "справедливого" наказания. Локк часто использует термин "право" и при этом апеллирует к совести или "спокойной рассудительности".
Также надо сказать, что Локк, писатель и политический философ, весьма осторожно и осмотрительно подходит к написанию "Второго трактата", стараясь подбирать как можно более ясные и простые слова и двигаться от одного пункта к другому в своих рассуждениях, не злоупотребляя гиперболами или повторами. Он не оратор; Локк заявляет свои идеи настолько четко и ясно, насколько это возможно. Он отмечает во вступлении, что эмоциональные критические ответы не смогут опровергнуть высказанные идеи - только рациональные аргументы смогут сделать это.