Джон Локк родился 29 августа 1632 в городке Рингтон в графстве Сомерсет на юго-западе Англии в доме рядом с церковью и был крещен в тот же день. Его родителями были провинциальный юрист Джон Локк и Агнесса Кин (оба - пуритане). Отец служил капитаном кавалерии на стороне сторонников Парламента в ходе Гражданской войны в Англии (1642-1651).
Вскоре после рождения сына Локки переехали в другое поселение, Беллутон, где в загородном доме эпохи Тудоров и прошло детство будущего философа. В 1647 15-летний Джон Локк при помощи члена Парламента Александра Попхэма (бывшего командира его отца) был принят в престижную Вестминстерскую школу в Лондоне, по окончании которой продолжил обучение в колледже Крайст-Чёрч, а с 1652 - в Оксфордском университете. Будучи способным студентом, Локк был недоволен учебным планом - он находил труды современных философов (например, Рене Декарта) более интересными, чем те вещи, которые им преподавались.
С помощью знакомого с детства по обучению в Вестминстере Ричарда Лоуэра Локк вошел также в мир медицины и занялся изучением экспериментальной философии. Последнее не приветствовалось ни в университетах того времени, ни в кругах Лондонского Королевского Общества, членом которого к тому времени он уже был. В 1656 Локк становится бакалавром, а в 1658 магистром. Продолжая занятия медициной, Локк получает степень бакалавра по этой профессии в 1674, все эти годы активно работая с заметными учеными и мыслителями своего времени - Робертом Бойлом, Томасом Уиллисом, Робертом Хуком и Ричардом Лоуэром.
В 1666 лорд Энтони Эшли Купер (1-ый граф Шефтсбери) приезжает в Оксфорд в поиске лекарства от болезни печени. Джон Локк смог ему помочь, что так впечатлило графа, что тот предложил Локку стать его личным врачом и частью свиты. Джон принял это предложение и в 1667 переехал в дом к лорду Куперу.
В Лондоне Локк продолжил изучать медицину под руководством Томаса Сиденхема, который оказал сильное влияние на мировоззрение Локка, что нашло отражение в одной из его основных работ - "Опыт о человеческом разумении".
В какой-то момент состояние здоровья лорда Купера сильно ухудшилось, появилась угроза его жизни. Опыт и репутация Локка как врача оказались под угрозой. Однако, он убедил патрона в необходимости операции, которая прошла успешно и лорд восстановился от болезни, что ещё более упрочило его доверие Джону Локку.
В течение данного периода Локк также занимал должности секретаря наместника Каролины и комитета по торговле и плантациям, где сформировались его взгляды на экономику и международную торговлю.
Патрон Локка - лорд Эшли Купер - позже выступил основателем движения "Вигов" (сторонников конституционной монархии). Он вообще оказал большое влияние на политическое мировоззрение философа. Когда Купер занимает пост Лорда-Канцлера в 1672, Джон Локк тоже становится вовлеченным в политику. В 1675 после того, как благодетель впал в немилость, Локк выехал из Англии и путешествовал какое-то время по Франции в составе свиты парламентария Калеба Бэнкса, вернувшись домой в 1679, как только его патрон восстановился на прежних позициях. Примерно в это же время, как считают современные исследователи, Локк с подачи Купера начал писать свои знаменитые "Два трактата о правлении".
В 1683 после неудачного заговора против действовавшего короля Карла II и его брата Локк, которого подозревали в связях с бунтовщиками, сбегает в Нидерланды, хотя на самом деле он вряд ли был напрямую вовлечен в это дело. В Нидерландах он продолжил работу над своими философскими произведениями. Домой Локк вернулся только в 1688 после триумфа Славной Революции в составе свиты жены нового короля Англии - Вильгельма Оранского. И в короткий период опубликовал сразу несколько своих работ - "Два трактата о правлении", "Опыт о человеческом разумении" и "Письмо о терпении", что сделало его интеллектуальным героем Вигов. Подруга Локка леди Мэшэм пригласила его в своё имение в Эссексе в 1691. В тот же период его начала атаковать астма, что не помешало Локку взаимодействовать с такими фигурами, как Джон Дрейден и Исаак Ньютон.
Джон Локк скончался 28 октября 1704 на церковном дворе деревеньки Хай Лэвер в Эссексе, где проживал последние годы. Он никогда не был женат и не имел детей. Его работы оказали огромное влияние на политическую философию, особенно на либерализм. Вольтер называл его "мудрецом". Аргументы Локка насчет свободы, разделения властей и общественного договора повлияли на А. Гамильтона, Дж. Мэдисона, Томаса Джефферсона и других отцов-основателей США. Джефферсон написал: "Бэйкон, Локк и Ньютон...Я считаю их тремя величайшими людьми за всю историю, без всяких исключений".